สาเหตุของปัสสาวะขุ่นมีหลายสาเหตุ เช่น มีฟอสเฟตตกผลึกในปัสสาวะมากเกินไป มีกรดยูริกในปัสสาวะมากเกินไป ร่างกายมีภาวะขาดน้ำเล็กน้อย มีไขมันอยู่ในปัสสาวะ มีโปรตีนรั่วในปัสสาวะ เกิดนิ่วในไต ปัสสาวะปนเปื้อนไปด้วยเมือกจากช่องคลอด มีเม็ดเลือดขาวอยู่ในปัสสาวะ หรือปัสสาวะเป็นหนองจากการติดเชื้อในระบบทางเดินปัสสาวะ ภาวะช่องคลอดอักเสบ โรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์บางอย่าง เป็นต้น ซึ่งอาจจะต้องได้รับการตรวจวินิจฉัยอย่างละเอียดต่อไป